Başlangıçta Yeni Galiçya Krallığı olarak anılan şehrin tarihi devam ediyor.
Ayrıca 16. yüzyılın son on yılında inşa edilen ve 1792'de Üniversite tarafından işgal edilen Santo Tomás de Aquino'nun eski Cizvit koleji de var. Yapının sadece geçen yüzyıldan kalma anıtsal kubbesiyle kilise ve 1695'te Juan María de Salvatierra tarafından yaptırılan ekli Loreto şapeli kaldı. 16. yüzyılda Don Pedro Gómez Maraver tarafından inşa edilen ve eskiden Santa Veracruz Şapeli olan San Juan de Dios tapınağı, 18. yüzyılda, barok özelliklere sahip barok bir cepheyle inşa edilmiştir. San Juan de Dios'unkine benzer bir barok tarzı olan La Merced kilisesi, daha süslü olmasına rağmen, 17. yüzyılda rahipler Miguel Telmo ve Miguel de Albuquerque tarafından kuruldu.
La Soledad Tapınağı, Juana Romana de Torres ve eşi Kaptan Juan Bautista Panduro'nun isteği üzerine 17. ve 18. yüzyılın sonlarında inşa edildi. Yerde, San Francisco Xavier'e adanmış bir şapelde bulunan Yalnızlık Meryem Ana ve Kutsal Kabir kardeşliği vardı. XVII. Yüzyıla ait San Diego tapınağı ve okulu; birincisi neoklasik stile ait gibi görünen çok sade bir cepheye sahipken, ikincisi eski manastırını süsleyen güzel bir kemere sahip.
Aynı adı taşıyan manastıra bağlı olan Jesús María Kilisesi 1722'de kuruldu; Sagrada Familia, Virgen de la Luz, San Francisco ve Santo Domingo'yu temsil eden büyük heykelleri görebileceğiniz Barok cephelerini hala koruyor.
Son olarak, Guadalajara'da, özellikle 17. ve 18. yüzyıllar arasında kolonyal mimarinin gelişiminin en iyi örnekleri olarak ortaya çıkan üç dini yapıyı daha vurgulamak önemlidir. Böylece, 18. yüzyılın ortalarından kalma, merak uyandıran çan kulesi ve aynı döneme ait muhteşem tablolar ve Churrigueresque altarpieces ile süslenmiş ve şehrin en iyisi olarak kabul edilen Aránzazu şapeline sahibiz. 18. yüzyılın ilk yarısında Peder Feliciano Pimentel tarafından kurulan Santa Mónica manastırı ve kilisesi; tapınağı, coşkulu Solomonic Barok tarzının en iyi örneği olarak kataloglanmış zengin süslemelerle çift cepheli bir görünüm sergiliyor. Mimar Pedro Ciprés tarafından 1766 yılında inşa edilen San Felipe Neri tapınağı, Guadalajara'daki en iyi dini yapı olarak tapınağı yerleştiren bir özellik olan, süslemesinde Plateresque anıları olan unsurları içeren bir dizi olağanüstü ayıklık oluşturur.
Sivil mimariye tekabül eden yapılarda bazı hayranlık uyandıran binalar var, bunların arasında Hükümet Sarayı, 18. yüzyılda askeri mühendis Juan Francisco Espino'nun bir projesinin ardından değiştirilen eski kraliyet evleri, ancak cephesi Miguel José Conique'nin çalışması. Bina esasen Barok tarzında tasarlandı, ancak bazı neoklasik eğilimler içinde zaten göze çarpıyor. Kaybolan Palacio de Medrano'da bulunan kraliyet büroları ve mahkeme salonları bina içinde çalışıyordu.
Ayrıca, 1701 yılında Piskopos Galindo y Chávez tarafından açılışı yapılan ve bugün Toskana tarzı sütunların ana manastırı ve Barok kapı aralıklarıyla Guadalajara Bölge Müzesi tarafından işgal edilen San José'ye adanmış Conciliar Seminary'i de var. 19. yüzyılın başında inşa edilen ünlü Hospicio Cabañas, ünlü mimar Manuel Tolsá'nın planlarını izleyerek José Gutiérrez'in çalışmasını yönetir ve yıllar sonra mimar Ibarra tarafından tamamlanır ve Gómez neoklasik tarzın dikkate değer bir örneğini oluşturur.
Guadalajara şehrine stilistik birlik sağlayan diğer küçük yapılar arasında, hepsi korunmasa da, bir zamanlar Analco mahallesindeki San Sebastián meydanının önünde duran görkemli 16. yüzyıl konağından bahsedebiliriz. Calle de la Alhóndiga No. 114 adresindeki ev, şu anda Pino Suárez. Konutlar 37 numaradaki Sánchez Leñero ailesine ve Calle de Alcalde'deki 133 numaradaki Bay Dionisio Rodríguez'e ait konutlar. 1729'da kurulan ve Santa Teresa ve Santuario'nun eski caddelerinin köşesinde bulunan ve bugün Morelos ve Pedro Loza olan geleneksel bir kolonyal şeker dükkanı olan Calderon evi; neoklasik tarzda Francisco Velarde'nin evi ve son olarak Katedral'in arka tarafında bulunan Cañedo konağı.
Ülkenin en önemli üçüncü şehri olan Guadalajara'nın çevresinde, bugün San Juan de los Lagos olan eski San Juan Bautista Melzquititlán kasabası bulunuyor. Bu kasaba, 17. yüzyılın ortalarında Don Juan Rodríguez Estrada tarafından inşa edilen Meryem Ana'nın bazilikasını koruyan büyük mucizevi imgesi geleneği nedeniyle önemli bir dini merkez haline geldi. Aynı kasabada 17. ve 18. yüzyıllardan kalma Üçüncü Düzen Tapınağı, Calvary Şapeli, Birinci Mucize Şapeli gibi diğer yapıları görebilirsiniz. Nüfusta, Kolej Sarayı ve Tithes binası gibi önemli sivil binalar da vardır.
Lagos de Moreno kasabasında, güzel bir Churrigueresque tarzı cepheye sahip bir 17. yüzyıl eseri olan ana mahallesini görebilirsiniz.
Son olarak, San Pedro Tlaquepaque'de San Pedro bölgesi ve Soledad Tapınağı gibi bölgedeki bazı Barok dini mimari örnekleri vardır.
