Zapopan belediyesinin Guadalajara kenti yakınlarındaki bir tören merkezi olan Ixtépete'nin arkeolojik kalıntıları ve Atemajac Vadisi'ndeki yirmiden fazla kuyu mezarının son bulguları, klasik dönemde önemli meslekler olduğu sonucuna varmamızı sağlıyor (200 BC-650 AD)
Fetihten kısa bir süre önce, Vadide çoğunlukla, 1530'da Nuño Beltrán de Guzmán tarafından çok fazla direnmeden sunulan Tonallan'ın egemenliğine bağlı küçük köylerde toplanan Cocas ve Tecuex grupları yaşıyordu.
Ertesi yılın sonunda, Guzmán kuzeye doğru fethi üstlendi, Juan de Oñate'e Santiago nehrinin vadisini geçmesi için emanet etti ve mümkün olduğunca ama ihtiyatlı bir şekilde kendini ifşa etmeden bir İspanyol nüfusu buldu. Böylece 5 Ocak 1532'de Nochistlán yakınlarında, bugünkü Zacatecas'ta Guadalajara kuruldu.
Yerleşimcilerin aleyhine olan koşullar bu şehrin Tonalá'ya taşınmasına neden oldu, ancak orada kalma kısa sürdü ve kısa bir süre sonra İspanyollar Tlacotan yakınlarında yerleştikten kısa bir süre sonra burada 1541'e kadar kaldılar. İspanyol yönetimini ciddi tehlikeye attı, Guadalajara'nın dış mahallelerine ulaştı. Genel Vali Antonio de Mendoza önderliğindeki güçlü ordunun "ateş ve kanla" bastırdığı isyanla, şehir barışa ulaştı, ancak yerli işgücünden mahrum kaldı, bu yüzden, onu bulmak için nüfusu hareket ettirmeye karar verdiler. 14 Şubat 1542'de son ve kesin temelin atıldığı Valle de Atemajac. Daha sonra, yaklaşık üç yıl önce kralın ona şehrin rütbesini ve ayrıcalıklarını verdiği haberi doğrulandı.
1546'da Papa III. Paul, Nueva Galiçya Piskoposluğunu kurdu ve 1548'de aynı adı taşıyan Audiencia kuruldu; Her iki yargı bölgesinin de karargahı, başlangıçta Compostela, Tepic'teydi, ta ki 1560'da Guadalajara'ya geçiş emri verilinceye kadar, onu geniş bölgenin adli başkanı yaptı, daha sonra Guadalajara Audiencia olarak adlandırılan, Nueva Galiçya Krallığı'nın başkenti ve koltuğu Piskoposluk. Her İspanyol şehri San Fernando meydanından bir satranç tahtası gibi kurulduğu ve aynı zamanda gelenek olduğu gibi, Mexicaltzingo, Analco ve Mezquitán'ın yerli mahalleleri de planın dışında bırakıldı. Evanjelizasyon süreci Fransiskenler tarafından başlatıldı, ardından Augustinianlar ve Cizvitler geldi.
Guadalajara yavaş yavaş, zorluklar ve aksiliklerle ve aynı zamanda başarılarla büyüdü ve kendisini bir ekonomi ve güç merkezi olarak kurdu, öyle ki 18. yüzyılın ortalarında Guadalajara'dan önemli sayıda varlıklı insan Nueva Galicia ve Nueva Vizcaya'nın tamamen yabancı bir genel valiliği entegre etmesini istedi. Yeni İspanya'ya, 1786 siyasi-idari reformları kapıda olduğu için ulaşılamayan bir hedefti, bu da bölgesel yapıyı değiştirdi ve tüm genel valiliği biri Guadalajara olan 12 belediyeye böldü.
Koloni boyunca, özellikle 18. yüzyılda, ekonomik patlama, tanıklıkları şehrin her yerinde hala devam eden mimari, kültürel ve sanatsal bir miras bıraktı.
Yeni İspanya topraklarında dolaşan bağımsızlık yanlısı yayınlar Jalisco'ya girdi, böylece Kurtuluş Savaşı belediyenin farklı yerlerinde patlak verdiğinde ayaklanmalar oldu.
26 Kasım 1810'da, büyük bir orduya komuta eden Don Miguel Hidalgo, Guadalajara'ya girdi ve şehri kısa süre önce ele geçirmiş olan José Antonio Torres tarafından kabul edildi. Burada Hidalgo, köleliği, damgalı kağıdı ve alkabalaları kaldıran bir kararname çıkardı ve isyancı El Despertador Americano gazetesinin basımına sponsor oldu.
17 Ocak 1811'de isyancılar Calderon köprüsünde yenilgiye uğratıldı ve Calleja'nın kralcı birlikleri, Piskopos Cabañas'la birlikte herhangi bir isyan patlamasını ortadan kaldıran José de la Cruz komutunu üstlenerek Guadalajara'yı kurtardı.
1821'de bağımsızlığını ilan eden özgür ve egemen Jalisco devleti kuruldu ve Guadalajara'yı eyaletin başkenti ve güçler koltuğu olarak bıraktı.
Ülkede on dokuzuncu yüzyılın büyük bölümünde hüküm süren istikrarsızlık, yabancı istilalarla ağırlaştırılmış, işi zorlaştırmış, ancak devletin ve özellikle de başkentinde çeşitli düzenlerde gelişmeye devam etmesini engellememiştir. Somut örnekler şunlardır: yüzyılın ikinci çeyreğinde Devlet Bilimleri Enstitüsü'nün kurulması; Sanat ve El Sanatları Okulu, Botanik Bahçesi, Cezaevi ve Beytüllahim Pantheon'unun inşası ve ilk fabrikaların açılması.
Seksenlerin başında, hayvan çekişli kentsel tramvaylar ortaya çıktı, elektrik ışığı 1884'te kuruldu, 1888'de Meksika'daki ilk demiryolu geldi ve 1909'da Manzanillo'nunki geldi. Doksanlarda Don Mariano Bárcena Astronomik Gözlemevi'ni kurdu ve Endüstri Müzesi.
Devrim sırasında, Guadalajara'da Díaz diktatörlüğüne karşı işçi grevleri ve öğrenci protestoları gibi bazı isyan eylemleri oldu ve Madero, 1909 ve 1910'da bile büyük sempati ifadeleriyle karşılandı. Bununla birlikte, sonrasında savaşan hiçbir olay olmadı. Öte yandan, Guadalajara'nın başkenti, Cristeros savaşıyla bozulan barış kabul edildiğinde 1930'da sona eren bir tür durgunluk yaşadı ve bitmeyen bir modernleşme arzusu başladı.
Ayrıca bakınız Kolonyal Şehirler: Guadalajara, Jalisco
