Carlos V, Temmuz 1529 tarihli Kraliyet Kararnamesi ile Cortés'e 23.000 vasal ve 11.550 km ile Oaxaca Vadisi Markisi unvanını ve Yeni İspanya Başkomiserliği unvanını verdi. İspanya'nın Antequera de Guaxaca kasabası (1523'te kuruldu) hariç.
İkincisine 1532'de şehir unvanı verildi; Felç, Alonso García Bravo'ya bağlıydı. Başlangıcından itibaren kraliyet yetkilileri ve Marquis tarafından görevlendirilenler için bir idari merkez olarak işlev gördü. Aynı zamanda manevi fetihlerin başladığı yer de karargahtı. Yerlilerin askeri fetih öncesi acısı ve encomenderoslara yapılan kötü muameleler, yerlileri savunmak için encomenderoslarla korkusuzca yüzleşen ihtiyatlı, hümanist, alçakgönüllü ve şefkatli erkeklerin gelişiyle nazikçe hafifletildi; ama bu da eski dinini yok ederek en ağır darbeyi vurdu. Bu tür adamlar, 1526'da Yeni İspanya'ya varışlarından bir yıl sonra Huaxyacac'ın evanjelizasyonuna başlayan Vaizler Tarikatı'nınkilerdi.
Fray Domingo de Betanzos (1480-1549), Yeni İspanya'da bu Düzenin kurucusuydu. Amaçlarında onu destekleyen Cortes ile tanıştı. Rahip Gonzalo Lucero ve Bernardino de Minaya'nın eşliğinde, üçünün apostolik çalışmalarına başladığı yerden 1528'de Oaxaca'ya geldi. Minaya, Kızılderililerin durumu hakkında bilgi vermek için 1527'de Roma'ya gitti. Papa, 1537 tarihli Bull Sublimis Deus'ta Kızılderililerin rasyonalitesini ve mülk sahibi olmanın yanı sıra kendilerini yönetme haklarını da ilan etmişti.
İspanyolların yerlilere empoze ettiği insanlık dışı esaret ve ağır iş yükü, kraliyetin doğrudan adil ve ihtiyatlı yasalarla yanıt vermek zorunda kaldığı ayaklanmaları motive etti (çoğu durumda göz ardı edilmelerine rağmen). Kraliyet ruhu, Fray Bartolomé de las Casas gibi dindarların görüşlerinden kesin olarak etkilendi: "... belirtmek istediğim ve doğru olan, Kızılderililerin özgür doğduğu, doğaları gereği özgür oldukları ve bu din Onların özgürlüğünü elinden alıyor ya da onları esaret altına alıyor ”. Böylece, Sebastián Ramírez de Fuenleal (Hispaniola'daki piskopos) tarafından yönetilen ikinci bir Audiencia atandı ve Yeni İspanya'ya geçerken hemen Oaxaca'ya gitti ve orada merkezi vadilerde (Ejutla) başlayan ayaklanmayı durdurmayı başardı. , Ocotlán ve Mihuatlán).
İlk iki misyoner tarafından başlatılan çalışma, Lucero Tlaxiaco'da kalmaya ve yaşamaya karar verdiğinde ve orada kilise kilisesini inşa ettiğinde, Minaya, Audiencia'dan önce encomenderos'un baskısı nedeniyle İspanya'ya sınır dışı edildiğinde kesildi.
16. ve 17. yüzyıllarda, San Hipólito Mártir Eyaleti (1592) adını verdikleri ve Mixtec bölgesine kadar uzanan bölgeye çok daha fazla din geldi. En önemli şehirlere ve en çok nüfusa sahip tapınaklar ve manastırlar inşa ettiler. Öncelikle yerel dilleri öğrendiler ve doktrini bu dillerde ve kelime dağarcığında yazdılar.
Tarihçi Fray Francisco de Burgoa, yerli halkın kalbini fethetmek için onlara geçici malları değil ruhlarını aradıklarını göstermek gerektiğini söylüyor; Bu nedenle Fray Betanzos dininden “… yemek, alışkanlık, ayakkabı, seyahat, hücre vb. Aşırı yoksulluk… her yatakta iki tahta, bir şilte için bir şilte, yastık alışkanlıkları vardı ve üzerlerini tek bir battaniyeyle örttüler… Et, şarap veya hassas yiyeceklerin tadı yoktu. Çoğu zaman, özellikle Kızılderililer arasındayken, herhangi bir çeşni olmadan sadece mısırdan yapılmış fasulye ve ekmeği yerlerdi ”.
Burgoa'nın Betimleyici Coğrafyasını yazdığı 1679 yılına kadar, sadece Oaxaca'da toplam 51 dini yapı vardı ve onun yönetimi altında sayılamayan sayıda kilise ve inziva yeri inşa edildi. 1540'a gelindiğinde, Kızılderililer için aşırı masraflardan ve yorgunluktan kaçınmak için manastırların inşasında her türlü lüks yasaklanmıştı.
Fransiskenler, Augustinianlar, Dominikliler ve Merkedaryenler de Oaxaca'ya yerleştiler, çalışmaları Dominik eserine kıyasla daha küçük bir ölçekte. Laik ruhban sınıfı 16. yüzyıldan beri kurulmuştur; Kiliselerini normal din adamlarından almak için çok mücadele etti ve yavaş yavaş başardı.
Böylece Mixtec bölgesinde, aralarında Yanhuitlán, Teposcolula, Coixtlahuaca, Tamazulapan, Tonalá, Chila, Huajuapan, Juxtlahuaca, Jaltepec gibi 18 manastır kurdular. Zapotec bölgesinde 23 manastır: Etla, Cuilapan, Zaachila, Santo Domingo de Oaxaca, Tlalxiaco, Tlacochahuaya, Teitipac, Jalpa del Marqués.
Mixe bölgesinde dört ev: Totontepec, Quetzaltepec, Juquila.
Chontal bölgesinde dört cemaat: Tequisistlán, Quiangoloni, Tlapacaltepec ve Quiechapa. Huave bölgesinde San Francisco del Mar mahallesi.
