Yaquis'in Hıristiyanlaşması, dindarların 1609'da Sonora topraklarına nüfuz ederek yayılmasına izin veren şeydi.
Koloni sırasında Sonora, yalnızca Sierra Madre Occidental'ın o varlığın sınırları dahilindeki yamaçlarına karşılık geldi. Real de la Cieneguilla da dahil olmak üzere Yaqui Nehri'nden kuzeye akan bölgeye Pimería Baja, Real'den Colorado Nehri'ne kadar - şimdiki Kuzey Amerika eyaleti Arizona'da - Pimería Alta adı verildi.
Mevcut Sonoran bölgesi, daha sonra Pimería olarak bilinen bölgenin güneybatısında, Mayo ve Yaqui nehirleri arasında, Kaliforniya Körfezi kıyılarında yer alan Chihuahua ve Ostimuri eyaletinde bulunan küçük bir bölgeyi de içerir.
1614'te misyonerler Pérez de Rivas ve Pedro Méndez, Ostimuri bölgesindeki Mayaları Hıristiyanlaştırarak misyonu üç bölgeye ayırdı: Santa Cruz (Mayo'nun ağzında), Navojoa ve Tesia.
Tepahues, 1620'de Cornicaris ile birleştirildi. Peder Miguel Godínez, San Andrés de Cornicari ve Asunción de Tepahui'nin misyonlarını kurdu. . Aynı yıl, Yaqui ağzında bulunan Bacúm, Torín ve Rahún'un yukarıda bahsedilen beş misyonuna ek olarak San Ignacio Rektörlüğü kuruldu.
1617'de Yaquis ailesi Pérez de Rivas ve Tomás Basilio tarafından dönüştürüldü. Ayaklanmalara, isyanlara, işkencelere ve cinayetlere rağmen, Sonora'nın dönüşümü daha hızlı ve daha sağlamdı. 17. yüzyılda Cizvitler genişlediler ve Chínipas olarak bildiklerinin güneybatı kesiminde Maycoba ve Yecora misyonunu kurdular.
Yaqui Nehri'nden kuzeydeki görevler dört bölgeye ayrıldı: San Borja'nın misyonları Cucumaripa ve Tecoripa'nın görevlerini gruplandırdı. , 1619'da kuruldu; Movas ve Onovas, 1622'de; 1627'de Sahuaripa; 1629'da Matape; 1677'de Onapa ve Arivechi , 1627'de kurulan Batuco, 1640'ta Oposura ve Bacadeguachi'yi içeren Japonya'nın Üç Kutsal Şehitleri Rektörlüğü. , Guazavas , Santa María Baceraca ve San Miguel Bavispe , 1645'te kuruldu. Ve 1636'da Ures'in misyonlarını entegre eden San Javier Rektörlüğü; 1639'da Aconchi, Opodepe ve Banámichi; 1648'de Cucurpe ve Arizpe ve 1655'te Cuaquiárachi.
1687'de misyoner Eusebio Francisco Kino, Pimería Alta'ya girdi ve kurucu Nuestra Señora de los Dolores Rektörlüğü'nün görevlerine başladı: Caborca, ona manevi desteğiyle yazışmaları sürdüren Francisco Javier Saeta'nın atandığı Peder Kino; Atil, Tubutama, Hüzünlü Meryem Ana, Saric, Pitiquito, Aiil, Oquitoa, Magdalena, San Ignacio, Cocóspera ve Imuris.
Cizvitlerin sınır dışı edilmesinden sonra misyonlar, artık inşa etmeyen ve yalnızca mevcut olanları korumaya çalışmakla yetinen Fransiskenlerden sorumluydu. Cizvitler, Sinaloa ve Sonora'da yerleşim yerleri kurduktan sonra, gözlerini Kaliforniya topraklarına çevirdiler.
