Colegio de San Juan de Letrán, kendisini "Colegio para mestizos" olarak adlandırarak başladı ve 1548'de, Yeni İspanya'da doğan ve eğitime ihtiyaç duyan mestizoların sayısında bir artış gören yarımada İspanyolların inisiyatifiyle kuruldu.
Colegio de San Juan de Letrán, kendisini “Colegio para mestizos” olarak adlandırarak başladı ve 1548'de, Yeni İspanya'da doğan ve eğitim gerektiren mestizlerin sayısında artış gören yarımada İspanyolların inisiyatifiyle kuruldu.
Bu kurumu kurmak için Genel Vali Antonio de Mendoza'dan izin istemediler, bunun yerine kralın iznini almak için İspanya'ya bir temsilci gönderdiler ve bu göreve Don Gregorio de la Pesquera atandı. Sorumlu bu kişi 18 Ağustos 1548'de verilen Kraliyet Yetki Belgesi'ni aldı. Kolej, başlangıçta madencilik, özel katkılar ve sadakadan 600 bin peso oyun aldı.
Üç rahip tarafından yönetiliyordu: bir rektör ve iki meclis üyesi, rektör görevinde bir yıl sürebilir ve sonra diğer ikisi papazın başına geçebilirdi. Okuma, Hristiyan öğretisi öğretildi ve daha sonra daha ileri düzeydeki öğrenciler üniversiteye gitmeye teşvik edildi.
Okul 18. yüzyılın sonunda düştü, Bağımsızlığa kadar hayatta kaldı ve 1821'de büyük bir destek aldı ancak 1857'de kalıcı olarak ortadan kayboldu. Eski Calle de San Juan de Letrán'da, şu anki Calle de Venustiano Carranza ile Madero arasındaki kaldırımda bulunuyordu. bütün caddeyi kaplayan San Francisco manastırının önünde doğuya bakıyordu.
